没有影响。如果医保停了，只是不能享受相应的医保待遇，与办理退休手续并不冲突。退休时，医保男的要交足25年，女的交足20年，退休后终生享受医保，到退休时未交足年限的要一次性补交足，不补交足，退休后医保会暂停的，要交足年限才能开通医保。
灵活就业养老保险的福利如下：
未达到退休年龄与原国有企业解除关系等未参加基本养老保险的人员，可以从当地实行个人缴费制度之时起按城镇个体劳动者的参保办法补缴基本养老保险费，并纳入基本养老保险范围。
超过法定退休年龄人员，可以按照城镇个体劳动者基本养老保险规定补缴从当地实行缴费开始至法定退休年龄期间的基本养老保险费及利息，原按国家规定计算的连续工龄视同缴费年限。
此外，还有缴费多少、退休年龄早晚等方面的福利。
也就是说，灵活就业的这个人，在单位工作过三年，那么这个三年，其实有单位缴纳的部分是职工养老保险，如果你想交纳职工养老保险的话，你把中途的这些补上也是可以的，