首次办理须本人至当地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件以及填写《中国公民出入境证件申请表》，两寸淡底色彩照两张，同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
出入境证件实行“全国通办”后，可以实现三个“都能办”：全国各地都能办，即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申办出入境证件，申请材料与户籍地一致；内地居民都能办，即不受户籍地、居住地等条件限制，内地居民均可在异地申办出入境证件。
出国出境证件都能办，往来港澳通行证、往来台湾通行证等都可在异地申办。此外，申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
港澳通行证团队签可以自己去办，以下是办取签证的方法：
1.港澳通行证的签注只需要提供港澳通行证原件以及相关申请表就可以办理，团队签证是直接让旅行公司代为办理；
2.若公民选择个人办理，就需要在办理签证时候正确填写“团队签证”，若填写错误是无法跟团前往；
3.需要填写公安部公布实行按需申领出入境证件地区公民办理普通护照所需材料；
4.申请赴港澳地区签注所需材料，参加旅游团赴香港或者澳门旅游，申请“团队旅游”签注；
5.需要提交下列材料，中国公民出入境证件申请表和往来港澳通行证。
若不慎遗失类似港澳通行证这种重要证件，要立即登报遗失声明作废，以免被他人冒用。登报挂失一种法律方式，是指自然人或者法人丢失了某些社会性质的证件或者类似的东西时，为了补办一份，法律上必须先确定遗失者所遗失的证件已经在法律上无效，这个过程就是登报挂失。遗失者按法律规定刊登声明之后，即推定社会上不特定的所有人都应当知道该证无效，即解除了遗失者的社会责任。