以下是几种常用的高通量菌种筛选方法：

1.荧光筛选法：这种方法利用特定的荧光标记将目标基因或代谢产物与细胞相关联，然后通过高通量荧光显微镜或荧光平板阅读器进行筛选。

2.微流控筛选法：该方法利用微流控芯片对大量细胞进行分离、操作和分析，实现快速高效的筛选过程。

3.高通量测序筛选法：利用高通量测序技术，将大量菌株的基因组序列进行测序和比对，从中选出具有所需基因或性状的菌株。

4.微量阵列筛选法：该方法通过将多个菌株同时培养在微量阵列中，对菌株进行快速筛选和比较。

5.高通量蛋白质组学筛选法：该方法利用高通量质谱技术对菌株进行蛋白质组学分析，从中筛选出具有所需性状的菌株。