一、产地区别

云南核桃主要产于云南地区，而新疆核桃则主要产于新疆地区。云南核桃在南方地区比较常见，属于南方特产，而新疆核桃在北方地区比较常见，属于北方特产。

二、外形区别

云南核桃和新疆核桃在外形上也有所区别，前者核仁比较小，呈半球形，壳薄易破，颜色较淡；后者核仁比较大，形状呈长椭圆形，壳相对较硬，颜色较深。

三、口感区别

由于产地和外形的不同，云南核桃和新疆核桃的口感也有所区别。前者入口较嫩，香味浓郁，口感酥脆，层次感明显，味道略带甜味；后者则更具有嚼劲，口感稍微粗糙，但味道浓郁，偏向于微苦。

四、营养成分区别

从营养角度来看，云南核桃和新疆核桃在成分上也有一定的差别。前者含有丰富的核酸和蛋白质，而后者则含有更多的脂肪和碳水化合物。不过，它们都富含多种维生素和矿物质，如维生素E、钙、镁等等。

五、价格区别

由于产地、品种和口感等因素的不同，云南核桃和新疆核桃在价格上也存在一定的差异。一般来说，比较高端的新疆核桃价格会略高于同等品质的云南核桃，而价格相对便宜的新疆核桃则可能会便宜于同等品质的云南核桃。