两门北京BJ40在沙漠中的表现取决于多种因素，包括车辆配置、驾驶者的技能和经验、环境条件等。

首先，BJ40作为一款越野车，具有一定的越野能力和通过性，适合在沙漠等复杂地形中行驶。然而，沙漠地形对车辆的越野性能要求很高，因此，如果车辆没有经过适当的改装或加强，可能会遇到一些困难。

其次，驾驶者的技能和经验也是决定性因素。在沙漠中行驶需要特殊的驾驶技巧和经验，例如如何控制车速、避免车辆陷入沙地、如何正确选择行驶路线等。如果驾驶者没有这些经验和技能，可能会增加车辆出现故障或损坏的风险。

最后，环境条件也会对车辆的表现产生影响。例如，沙漠中的高温和干燥环境可能对车辆的冷却系统和润滑系统提出更高的要求。此外，沙漠中的沙子和石头等障碍物也可能对车辆的底盘和轮胎造成损坏。

因此，如果您打算在沙漠中使用两门北京BJ40，建议事先对车辆进行适当的改装或加强，以提高其越野性能和通过性。同时，确保驾驶者具有足够的经验和技能，以应对沙漠中的复杂地形和环境条件。此外，在行驶过程中，应密切关注车辆的状态和环境条件，及时采取措施应对潜在的风险。