广西医科大学治疗脑梗住院的报销，首先需要了解当地的医疗保险政策。一般来说，脑梗住院治疗属于重大疾病范畴，相关的医疗费用可以通过医疗保险进行部分或全部报销。

具体的报销流程如下：

及时报案：在脑梗住院治疗结束后，需及时向当地的医疗保险机构报案，填写相关申请表格。

提供材料：根据当地医疗保险政策，提供相关的医疗费用清单、发票、出院小结等材料。

审核与报销：医疗保险机构会对提交的材料进行审核，并根据政策规定对符合条件的费用进行报销。

领取赔款：经过审核后，医疗保险机构会将报销的款项直接支付给患者或指定的受益人。

需要注意的是，具体的报销比例、起付线等政策可能因地区和保险类型而有所不同。因此，在报销前最好向当地的医疗保险机构或广西医科大学相关部门咨询，了解具体的政策规定和报销流程。

此外，为了确保报销的顺利进行，患者或家属需妥善保管好相关的医疗费用清单、发票等材料，并在规定时间内提交申请。同时，也要注意遵守医疗保险政策，避免违规行为导致无法报销或被处罚。